על אף היחס החיובי העקרוני של גדולי ישראל ללימודי חול, הונהג לרוב בגיל הנעורים עיסוק בלימוד תורה בלבד. וכך כותב הנצי"ב מוולוז'ין: "באשר זה דרכה של תורה שאין עמלה ותכליתה מתקיים אלא במי שמפנה כל ראשו בה, ונפש עמל בה עמלה לו לסייעהו לזכות בה, ואי-אפשר להיות גדול בתורה בשעה שעוסק בדברים אחרים. וכל גדולי תורה שהמה גם חכמים בלימודי חול אינו אלא שנתעסקו בלימודי חול קודם ששקעו ראשם בתורה, או אחרי שכבר נתגדלו בתורה, אבל ביחד אי אפשר להגיע לתכלית הלימוד" ("משיב דבר" א', מ"ד).
הסדר הנכון, לדעתו, הוא להתרכז תחילה בלימוד התורה: "אי-אפשר לקוות להשיג מעלת התלמוד וחכמת הטבע יחד, אם לא שיקדים עמל התלמוד הרבה, ואחר שכבר עמל ומצא כדי מידתו, אז יכול להפנות גם לשארי חכמות, ויהיו שניהם שמורים ומתקיימים בידו" ("הרחב דבר" דברים ל"ב, ג').
דבריו אלה של הנצי"ב, מבהירים את יחסם המורכב של גדולי ישראל ללימודי החול בגיל צעיר. מחד - אנו רואים בדרך כלל התנגדות להכנסת לימודי חול לישיבות, ומאידך - בתלמודי התורה וה"חדרים" המיועדים לגיל צעיר יותר, מלמדים לימודי חול, כגון חשבון ודקדוק.
נראה שסיבת החילוק בין הגילאים היא הצורך להתרכז בישיבה בעמל התורה, הבא לידי ביטוי מיוחד בלימוד הגמרא. בהיותו ילד, אין יכולת לתלמיד ללמוד בהתמדה רצופה וביגיעה ועמל, ולפיכך אין לימודי החול מהווים הפסקה הפוגעת ברצף. משעה שנכנס לישיבה, הרי עיקר עיסוקו בלימוד הגמרא, לימוד המחייב עמל והתמסרות, ומכאן ואילך כל עיסוק בתחום אחר פוגע בלהט הלימודי ובאיכות הלימוד כולו.
כך הייתה הדרכתו של הרב קוק זצ"ל, שכתב: "מייסדי ה'תחכמוני' ומנהליו בעצמם עומדים תמיד הכן לייעץ לכל אב דורש עצתם, אם יתן את בנו למוסדם או למוסד שהוא כולו קודש, שאם אך יש כח בידו אל ינתק את בנו אפילו לשעות קצובות ממקור החיים של תורה שבכתב ושבע"פ" (אגרת תרמ"ד).
מצער לראות שרבים מבני הנוער שלנו נחשפים לעולמה של ישיבה ולמושגים כמו עמל תורה, התמדה, אחריות אישית על הצמיחה הרוחנית, וכדו', רק בהגיעם לגיל שמונה-עשרה בכניסתם לישיבה הגבוהה. הניסיון בישיבות הקטנות מראה שגם נערים צעירים יכולים להגיע להישגים נפלאים בידיעת תורה ובאהבתה, ובבניין שאיפות רוחניות מתוך שמחת נעורים ובגרות נפשית.
גם לצורך בתעודת הבגרות יש מענה, במכינה לבגרות המיועדת לתלמידי הישיבות הקטנות, שם מוציאים הם תעודת בגרות מלאה בשנה אחת.
המשימות הגדולות העומדות בפני הציבור הדתי-לאומי מחייבות אותנו לגלות יצירתיות ותעצומות נפש, על מנת שנוכל לתת מענה ראוי לצרכים הגדולים של עם ישראל. הישיבות הקטנות מהוות נדבך משמעותי מאד בטווח הקצר להעלאת הרף הרוחני והלמדני של הנוער, ובטווח הארוך - להעמדת תשתית איתנה להצמחת תלמידי חכמים לדורות הבאים.