פרשת פנחס עוסקת בתחילתה בהבטחת ד' לפנחס: "הנני נותן לו את בריתי שלום", שכרו על הקנאות, שהיא הלכה ואין מורין כן.
בגמרא (סנהדרין פ"ב): "אמר לו פנחס למשה - לימדתנו ברידתך מהר סיני", ומובא בשם הגר"א שכוונת דבריו היו לכך, שכשמשה רבינו ששבר את הלוחות, היתה בזה הדרכה, כשם שהיתה שבירת הלוחות על כך שלמד ק"ו מעצמו, כך לדורות יש פעמים הנהגה של קנאות, "הלכה ואין מורין כן". כי גם מעשהו של משה בשבירת הלוחות הוא בבחינת קנאים פוגעים בו. (מכאן ואילך החלה הנהגה בהדרכה למעשה ממש, ויקום-ויקח. כמבואר ב'מגיד מישרים' לבית יוסף).
פרשה זו היא תחילת הנהגה של תורה שבעל פה, וכך בהמשך הפרשה נתחדשה הלכה ע"י בנות צלופחד, והיתה להם לחוקת משפט. גם ההנהגה שנמסרה ליהושע בן נון, איש על העדה, היא המשכיות משה רבינו, המשך תורה שבעל פה, "ומסרה ליהושע". וכפי שהדגיש הרמב"ם בהקדמתו: "משה רבינו מסר ליהושע תורה שבעל פה וכן יהושע כל ימי חייו למד על פה". יהושע המשך ההוראה ע"פ מה שקיבל מרבו, וכמבואר בירושלמי פאה (פ"א): "אפילו דברים שלא שמע מפי משה - הסכימה דעתו". ובפני משה על ירושלמי (יבמות פ"ד) כותב: אע"פ שיהושע שמע את משה לא היה יכול לומר דבר שאותו ודאי לא אמר משה, וגם כשנשתכחו הלכות לאחר מות משה ביקש יהושע שיזכירו לו מה ששמע.
זהו יסוד ההבטחה לפנחס - זה אליהו, "הנני נותן לו את בריתי שלום", וכפי שפירש בתרגום יונתן שכאן ההבטחה על הגאולה העתידית שתבוא ע"י אליהו. והוא אשר יחזיר את מסורת התורה שבעל פה. כי הם שני דברים הקשורים זה בזה. וכפי שביאר הר"ן בדרשותיו (דרוש ח') שגם עניני הנבואה הם מסורת מנביא לנביא וגם על זה נאמר ומסרה ליהושע. ויש לבאר, שעל כך אנו מבקשים בתפילת "ובא לציון": "רוחי אשר עליך ודברי אשר שמתי בפיך", רוחי אשר עליך - רוח הקודש והנבואה, ודברי אשר שמתי בפיך - זו תורה ותורה שבעל פה, שבאים שניהם במסורה מדור לדור. וכך הוא בסוף ספר מלאכי: "כי שפתי כהן ישמרו דעת, ותורה יבקשו מפיהו", דעת ותורה. והנה משה רבינו ביקש בזמן קבלת שליחות הגאולה "שלח נא ביד תשלח". וביאר בעל הטורים, שלח את אליהו אשר עתיד להשתלח, שהוא חותם הגאולה, וביקש שאליהו יהיה מעתה גואלם גאולת עולם. כי ע"י התגלות אליהו, תחזור תורה ונבואה למקומה, הנהגה של תורה שבכתב ותורה שבעל פה.
הרחמן הוא ישלח לנו את אליהו הנביא ויבשר לנו בשורות טובות ישועות ונחמות אמן.