המתפלל צריך לדבק נפשו בתפילה לפי מדרגתו. במדרגה הגבוהה, יכול המתפלל לשפוך את נפשו כולה, לכל חלקיה ומדרגותיה, באופן המתאים לחלקים השונים שיש בכל תיבה בתפילה.
עיקרה של התפילה צריך שיהיה למען כבודו של הקב''ה, שיגדל ויתגלה בעולם. וגם כשמתפלל האדם על צרכיו הפרטיים וצערו האישי - יכוון בהם לגבוה, ולמען מה שמצטערת השכינה בצערו שלו.
מילות התפילה תוקנו על ידי חכמים ונביאים רבים. יש בהן סודות עמוקים והשפעת אמירתן עצומה אף מבלי לדעת את הכוונות העמוקות שבהן, וכל שכן בצירוף הכוונה הטהורה. הרב קוק זצ"ל הרחיב בכתביו בחשיבות המילים והכוונה.
כשם שהמאכלים נותנים לגוף את היכולת להכיל את הנשמה, כן גזר הקב"ה שמעשיו הטובים של האדם יאפשרו לעולמות להכיל חיבור לעצמותו יתברך. המצוות בן צינורות המשפיעים ברכה לעולמות! וכן ח"ו להפך - העברות הן כמזון מקולקל, שמלבד מה שאינו מזין, הוא אף הורס ומחליש את כח האדם, וכן העברות מגבירות את כחות הטומאה בעולם.
בסיום שער א מדגיש ר' חיים את חשיבות וחומרת השמירה על ההלכה בדקדוק, ושאין לנטות ממנה כלל ומשום סיבה, ואפילו לשם כוונות עליונות. קיום המצוות כפי ההלכה - פועל רבות אפילו מבלי כוונות מיוחדות. את השער השני פותח ר' חיים בביאור ענין תפילה 'בכל לבבכם' - לסלק הכוונות הזרות ולהתרכז בקב"ה.
אחדות מדרגות נפשו של האדם מאפשרות לו לתקן את שפגם במדרגות נמוכות - על ידי שמתחבר מחדש למדרגות העליונות יותר. ובזה יובן מדוע האומר יהא שמיה רבא בכל כחו נמחלים עוונתיו. | צריך לכוון בעבודת ד' לתקן את כל העולמות ע"י מעשיו, וזאת היתה עבודתם של האבות - שקיימו את התורה לפני נתינתה
הנשמה עליונה מאוד, וכן התורה, ורק לבושים מתגלים בעולם הזה. כל מדרגה - החלק התחתון והחיצון שלה הוא החלק הפנימי והעליון של המדרגה שמתחתיה. כן הוא בעולם, וכן הוא באדם, ובזה תובן פעולת התשובה.
דיבורו של האדם הוא כדוגמת הדיבור האלוקי, ולכן יש לדיבור כח רב והשפעה עצומה על העולם. על האדם לשמור היטב על לשונו, שכן השפעתו הרבה משליכה לטוב - בעוסקו בתורה או בתפילה וכדומה, וגם לרע - בדיבורי תאווה ובלשון הרע.
כוחם של המלאכים לקדש את שם ה' נובע מפעולת עם ישראל בעולם הזה לקדש את הקב"ה ורק עמ"י יכול לקדש את כל העולמות והבחינות בבת אחת.
מדרגות השכר והעונש הינם תוצאה ישירה של המעשים.
לאדם ישנה הבחירה והיכולת להשפיע על העולמות כולם, שכפי שמתנהג האדם - כן מנהיג הקב"ה את העולמות, וכדוגמת צל - שזז בהתאמה לתנועות האדם. וכן לכלל עמ"י בא"י יש כח זה. עניין זה התבטא בכיוון פני הכרובים - שהותאמו זה לזה ולמצב הקשר בין עם ישראל לרבונו של עולם.
אל מול התפיסה החסידית מגיעה ההתנגדות כמאזנת, ולאחר האיזון יש מקום וחשיבות ל2 התפיסות.
אחד שעיקריו של נפש החיים הוא - "דע שכל מה שקורה למעלה - ממך", האדם מרכזי ומשפיע על הבריאה.
התשובה של האדם נובעת מהשורש השנתי העליון שאין החטא יכול לגעת בו. יש בתוכנו יסוד טוב ומוחלט עליון וגם עם חטאנו יבוא לנו משם תיקון.
צריך להאמין שהכל עתיד להיות מתוקן.